El proyecto fue encargado al arquitecto Francisco Tamburini, de acuerdo a los preceptos en materia de higiene, seguridad y condiciones penitenciarias considerados modelo para su época.

El plano original data de 1886, y fue firmado en Buenos Aires. Según el investigador Carlos Page, el proyecto ejecutado data de 1887, año en que, una vez efectuada la donación de los terrenos, la Cámara de Senadores le otorgó media sanción.

En 1889 obtuvo sanción definitiva en la Cámara de Diputados, actualizándose entonces el presupuesto, adjudicándose la obra a la empresa constructora Streniz y Cía, y comenzando la construcción.

En 1891, las obras se detendrían a consecuencia de la crisis, siendo retomadas a finales de 1892.En 1895, con dos de sus pabellones concluidos y un tercero en marcha, comenzó a funcionar como cárcel.

El plano del sector de administración fue realizado por Federico Tessi en 1898, según los planos de Francisco Tamburini. En 1900, la cárcel contaba ya con tres de sus pabellones construidos.

Los pabellones originalmente destinados a talleres, el primer gimnasio y escuela, se habrían concluido en fecha posterior, entre 1904 y 1908. Se incorporaron progresivamente talleres de alpargatas, escobería, herrería y zapatería. Más tarde se le sumaron el taller tipográfico, la panadería, la sastrería, la carpintería y la imprenta (de 1908, donde se publicaba el diario “Nuevo Mundo”).

También el huerto fue desde temprano un ámbito relevante de actividad productiva y reformadora. En el ínterin, el modelo penitenciario había sido revisado en 1907, dando lugar a un nuevo reglamento que regulaba las actividades propiamente carcelarias, y las laborales de formación en oficios. Casi de inmediato, y en el mismo sentido, se dispuso la obligatoriedad para todo reo de asistir a la escuela, el huerto o los talleres, conforme sus aptitudes.

El Establecimiento Penitenciario N°1, más conocido como Penal de San Martín cerró sus puertas el 2 de abril de 2015.